지난번 포스팅에 뇌 전처리 Tools을 소개한적이 있다.
뇌 MRI preprocessing Tools 간단 소개 (뇌 MRI 전처리)
*대학원생이 맨땅에서부터 공부하면서 정리하는 포스트입니다. 지극히 주관적이며 편협합니다.* *개발환경은 리눅스이며 쉘스크립트와 파이썬을 혼용합니다.* 여러 논문들을 읽어보고 커뮤니
bart-2012.tistory.com
이번 포스팅은 필자가 이 Tools로 preprocessing pipeline을 만들어 Github에 올린 내용을 소개하고자 한다.
다음 링크를 클릭하면 preprocessing pipeline 코드를 받을 수 있다.
github.com/llb1600/3D-MRI_Preprocessing
llb1600/3D-MRI_Preprocessing
3D MRI preprocessing pipeline. Contribute to llb1600/3D-MRI_Preprocessing development by creating an account on GitHub.
github.com
리눅스 환경에서 돌아가도록 구현 하였고, 파이썬으로 코딩되었다.
다음과 같은 총 3가지 Tools을 사용한다.
1. dcm2niix
2. ANTs
3. FSL
dcm2niix와 ANTs는 utils 폴더에서 다운받을수 있도록 해두었다.
getTools.sh를 실행 시키면 설치 할수 있다.
하지만 FSL은 여러 문제들로 인해 사용자가 직접 설치해야한다.
Tools를 설치 완료하면 전처리 하고자 하는 파일들의 디렉토리를 지정해 놓은 폴더 형식대로 준비해야한다.
또는 코드를 직접 고쳐서 사용해도 무방하다.
sequential 하게 파이프라인을 구현해 놓았기때문에 수정하기 쉬울것이라 예상한다.
피드백은 언제나 환영이다.
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