본문 바로가기

BI

bedtools 에러해결 Error: unable to open file or unable to determine types for file.(부제 - bedtools에서 사용할 수 있는 파일 포맷)

vcf 를 bedtools를 사용하여 작업하려고 하는데 다음과 같은 에러가 났다.

 

Error: unable to open file or unable to determine types for file

 

 

TAB관련 issue인줄 알고 tab을 맞춰 주었다.

하지만 똑같은 에러 계속 발생

 

 

결론 fileformat을 vcf로 지정해줘야 한다.

 

bedtools가 이 파일이 무슨 파일인지 인식하기 위해서는 주석처리된 fileformat이 있어야 한다.

 

나같은 경우에는 파싱전의 VCF에서 주석처리된 format내용을 가져왔다.