snakemake mutect2 error : Error executing rule

snakemake를 활용해 variants calling pipeline을 설계하고 test하는 도중에 다음과 같은 에러를 만났다.

 

Error executing rule mutect2 on cluster (jobid: 6688, external: 1183407, jobscript:~/tmp/path/mutect2.sh

 

Error executing rule mutect2 on cluster (jobid: 6688, external: 1183407, jobscript:~/tmp/path/mutect2.sh)

 

이 에러가 왜 발생하는지 확인 하기위해 해당 rule에 미리 지정 해준 log를 확인해보았다.

16:31:55.800 WARN  IndexUtils - Feature file "/.wchr.vcf.gz" appears to contain no sequence dictionary. 

Attempting to retrieve a sequence dictionary from the associated index file.

 

16:31:56.025 WARN  IntelPairHmm - Using 1 available threads, but 5 were requested

 

내가 사용한 mutect2 script는 다음과 같다. 

gatk Mutect2 \
        -R $ref \
        -I $tumor_file \
        -L $interval \
        --germline-resource $germline_source \
        --panel-of-normals $pon  \
        --native-pair-hmm-threads $thread \
        --f1r2-tar-gz $f1r2_out \
        --bam-output $bam_out \
        -O $output

총 두가지 WARN messege를 확인 할 수 있었다.  첫번째 IndexUtils 메세지는 찾아보니 germline_source file의 index가 없어서 발생하는 메세지 이였다. 흠... 분명있는데.... 어쨋든 검색해보니 별 문제는 없다고 한다.

 

두번째는 threads 관련한 옵션으로 이 역시 무시해도 된다.

 

결론은 지정해둔 메세지가 뜰경우 에러로 보고하는 것같다. 

실제로 확인해보면 결과도 잘 생성되는것을 확인할 수 있다.