heatmap 그리고 저장하기 in R

heatmap은 데이터 분석을 진행하다보면 scatter plot 만큼 접하기 쉬운 plot이다.

matrix값을 ploting 하고 Hierarchical clustering 까지 확인할 수 있기때문에 인기가 많다.

 

오늘은 R로 heatmap그리는 법을 간단하게 알아보겠다.

library(gplots)
library(RColorBrewer)

우선 위의 라이브러리를 설치하고 import 한다.

input table은 아래와같이 numeric matrix로 이루어져있어야한다.

1. 기본적인 코드

mypalette <- brewer.pal(10,"RdYlBu")
morecols <- colorRampPalette(mypalette)

heatmap.2(as.matrix(df),col=rev(morecols(50)),trace="none")

실행결과 

2. 그룹 지정후 컬러바 추가 코드

col.cell <- c("green","purple")[as.factor(c(1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0))]
mypalette <- brewer.pal(10,"RdYlBu")
morecols <- colorRampPalette(mypalette)

heatmap.2(as.matrix(df),col=rev(morecols(50)),trace="none",ColSideColors=col.cell)

실행결과

 

3. row기준으로 scale조정

col.cell <- c("green","purple")[as.factor(c(1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0))]
mypalette <- brewer.pal(10,"RdYlBu")
morecols <- colorRampPalette(mypalette)

heatmap.2(as.matrix(df),col=rev(morecols(50)),trace="none",ColSideColors=col.cell, scale="row")​

 

실행 결과

 

4. heatmap 그린 후 저장까지 하기

 

png(file="saving_image.png",width=800, height=700)

col.cell <- c("green","purple")[as.factor(c(1,1,1,1,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0))]
mypalette <- brewer.pal(10,"RdYlBu")
morecols <- colorRampPalette(mypalette)

heatmap.2(as.matrix(df),col=rev(morecols(50)),trace="none",ColSideColors=col.cell)
## 그룹바에대한 legend box 추가하는 code
legend("topright",legend = c("C","N"), col =unique(col.cell), lty= 1,lwd = 5,cex=.7)

dev.off()

실행결과

끝!!