[Picard-ExtractIlluminaBarcodes] Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException 오류 해결

아래와 같은 코드로 picard ExtractIlluminaBarcodes를 돌리다가 에러가 발생했다.

java -Xmx4g -jar ${PICARD} ExtractIlluminaBarcodes \
        BASECALLS_DIR=./BCL_DIR \
        BARCODE_FILE=barcode_file.txt \
        READ_STRUCTURE=150T8B9M8B150T \
        LANE=1 \
        OUTPUT_DIR=barcodes_outputdir \
        METRICS_FILE=barcode_metrics.txt

에러 내용은 다음과 같다.

Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException

해결 방법은 간단 했다. 

BASECALLS_DIR=./BCL_DIR 이 상대경로를 

 

절대경로로 바꿔주니 해당 오류는 해결 되었다!

 

java -Xmx4g -jar ${PICARD} ExtractIlluminaBarcodes \
        BASECALLS_DIR=/storm/User/Analysis/BCL_DIR \
        BARCODE_FILE=barcode_file.txt \
        READ_STRUCTURE=150T8B9M8B150T \
        LANE=1 \
        OUTPUT_DIR=barcodes_outputdir \
        METRICS_FILE=barcode_metrics.txt