bedtools intersection 을 사용하다 아래와 같은 에러를 만났다..
file {bedfile} has non positional records, which are only valid for the groupBy tool.file {bedfile} has non positional records, which are only valid for the groupBy tool.
구글링해본 결과 윈도우에서(엑셀) 생성한 파일을 사용했기 때문으로 밝혀졌다.
window에서 생성하면 끝문자가 유닉스에서 생성된 파일과 다르다.
해결법
1. window에서 생성된 file 끝문자 확인
cat -e bedfile.bed위의 명령어로 확인해 보면 줄 끝마다 ^M$가 추가되어있는것을 확인할수있다.
유닉스에서 생성된 파일에는 $만 붙는다.
2. 끝문자 trimming
cat bedfile.bed | tr -d '\r' > bedfile.clean.bed위의 명령어로 트리밍을 진행해주면 $만 남는것을 확인할 수 있다.
이 파일로 bedtools를 진행하면 정상작동 한다!!
