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NGS - Whole genome, Whole exome, Target sequencing 정리 sequencing은 염기서열을 읽어낸다고 이해하면 된다. Whole Genome sequencing DNA의 염기서열을 모두 읽는 방법. 시퀀싱 Depth(깊이)는 낮지만 DNA의 모든 영역의 SNP(single Nucleotide Polymorphism), CNV(Copy number variant)등을 확인할 수 있다. 장점, non-coding 영역의 variant를 찾아낼 수 있고, 단점, sequencing 비용이 비싸고, 결과 파일 크기가 커서 보관, 분석 비용이 크다. Whole exome sequencing 단백질을 코딩하고 있는부위를 엑손(Exone)이라고 하는데 엑손들의 집합을 엑솜(Exome)이라고 한다. 이 엑솜 부분은 인간 전체 genome에 2%에 해당한다. 이 부분만을 시퀀싱..
주피터 노트북(ipynb)파일 파이썬 파일(.py)로 변환 주피터노트북을 쓰면서 코딩을 하다보니 외부함수를 코딩하고 나서 파이썬 스크립트인 .py로 변환해야 될 일이 생겼다. 방법은 간단했다. 노트북을 저장하고 콘솔(터미널)창에서 jupyter nbconvert를 활용하면 된다. 나의 경우에는 jupyter-nbconvert으로 변환을 할수있었다. $jupyter-nbconvert --to script 노트북파일.ipynb 위의 커멘드를 치면 주피터 노트북과 같은 이름의 스크립트 파일이 생성된다.
주식투자 기록(feat. 우한폐렴, 코로나19)(4) 언택트 주의 주춤, 컨택트 주식의 반등 시작. 한국 주식 달러 환율이 너무 비싸서 달러로 바꿔서 미국주식을 사는것이 아깝다는 생각이 들었다. 이걸 바꿔 말하면 원화가 강세라고 볼수있다. 미국의 우량주들이 거의 글로벌 우량주로 볼수있기때문에 미국주식만 하려고 했지만, 원화강세를 이용해서 한국주식도 경험 할겸 한국기업에도 투자해보기로했다. 한국 IT우량기업인 카카오, 네이버는 이미 오를대로 올라 코로나 조정을 회복하다 못해 전고점 까지 갱신하고 있어서 눈이 가지 않았다. 코로나로 인해 자금들이 주식에 몰려 너도나도 삼성전자, 카카오, 네이버를 매수한 결과라고 생각한다. 삼성전자는 이미 가장먼저 주식에 입문했을때 매수해놓은 종목이기 때문에 어떤 분야가 좋을까 찾아보다가 금융쪽에 시선이 갔다. 국내주식은 장기투..
주식투자 기록(feat. 우한폐렴, 코로나19)(3) 미국의 코로나 신규확진자수가 줄어들고 있다. 기대감에 어느정도(고점대비 반정도) 회복된 회사들이 많다. 특이한것은 언택트 문화의 자리매김을 기대하며 언택트 관련주들의 주가가 급격히 상승중이다. 기존의대형주들 (Facebook, Amazon, Apple, Netflix, Google, microsoft)이 빠르게 고점을 회복한후에도 전고점을 갱신하고 있다. 자금이 대형 IT주들에 쏠리고 있다. 반면의 코로나의 영향이 오래지속되어 여행,레져등의 산업이 회복되기엔 멀어보였는지 관련주들은 여전히 전고점 회복도 못한 상황이다. 특히 아마존은 5년차트에서 코로나가 보이지도 않는다. 나는 IT주 투자를 하지 않았다. PER가 너무 높다고 생각했기 때문이다. 하지만 요즘은 PER가 높은 주식들이 오히려 더 인기가 있고..
뇌 MRI preprocessing Tools 간단 소개 (뇌 MRI 전처리) *대학원생이 맨땅에서부터 공부하면서 정리하는 포스트입니다. 지극히 주관적이며 편협합니다.* *개발환경은 리눅스이며 쉘스크립트와 파이썬을 혼용합니다.* 여러 논문들을 읽어보고 커뮤니티를 찾아본 결과, 현재 MRI 영상분석쪽에서 자주 사용하고 있는 소프트웨어 혹은 패키지는 fsl, ANTs, spm12 3가지로 보여진다. 1. fsl 제일 먼저 접한것은 fsl인데, fsl은 FMRIB 소프트웨어 라이브러리의 약자이며 기능, 구조 및 확산 MRI 뇌 영상 데이터를위한 이미지 분석 및 통계 도구를 포함하는 소프트웨어 라이브러리이다. fsl에서 만들어놓은 자체적인 파이프라인도 제공하고 있으며 독립적인 tool들도 제공하고 있다. brain extraction은 BET이라는 유명한 소프트웨어를 제공하고 있다. 본인..
주피터 노트북 여러줄 들여쓰기 주피터 노트북을 사용하여 코딩을 하고있다. 파이썬으로 코딩중인데 다 짜여진 코드를 한번에 들여쓰기 해야할일이 생겼다. 구글에 검색해봐도 나오지 않아서 블로그에 올려 놓는다. 사실 너무나도 간단하기때문에 다들 이미 알고 있는지도 모른다. 여러줄 들여쓰기는 드래그후에 Tab을 누르면 된다. 한줄 들여쓸때와 동일하다. 끗
[dcm2nii] dcm 파일 nii로 바꾸기 대학원생이 연구하면서 공부하고있는 내용들을 정리하면서 포스팅입니다. 내용이 부족할수 있으니 참고 바랍니다. 의료 영상분석을 진행하기 위해서 뇌 data에 접근하면 .dcm형식의 파일로 되어있다. 이를 NIfTI 이미지형식인 nii 혹은 nii.gz로 바꾸기 위해서는 dcm2nii를 이용하면 간단하다. NIfTI 이미지 형식 표준은 뇌 이미지의 과학적 분석을 위해 설계되었다. NIfTI의 좋은 점 중 하나는 형식이 공간 방향 정보를 유지하려고한다는 것이다. DCM2NII는 이미지를 FSL, SPM5, MRIcron 및 기타 여러 뇌 이미징 도구에서 사용하는 NIfTI 형식으로 변환한다. DCM2NII는 MRIcron과 함께 배포되는 독립형 프로그램으로. 기본적으로 Windows, Linux x86, Mac..
주식투자 기록(feat. 우한폐렴, 코로나19)(2) 24일 장중 코스피·코스닥지수가 5% 넘게 반등하면서 두 시장의 프로그램 매매를 일시 정지하는 매수 사이드카가 발동됐다. 전날 증시 개장 직후 매도 사이드카가 발동된 지 하루 만에 다시 매수 사이드카가 발동되면서 시장은 연일 급등락을 반복하는 '롤러코스터 장세'를 지속하고 있다. 미국 연방준비제도(Fed·연준)는 뉴욕증시 개장 전 양적완화(QE) 규모를 기존의 7천억 달러에서 무한대로 확대한다고 밝혔지만, 지수 하락을 막지는 못했다. 즉 미국은 코로나가 한창 심각한 상태지라 아무리 약을 쳐도 공포심리를 이길수는 없어 보인다. 연준의 국채 무제한 매입 발표로 최근 높아진 원/달러 환율 급등 리스크와 신용 리스크가 완화될 가능성이 크고, 이런 발표가 한국 증시에 긍정적인 측면으로 작용했다고 보여진다. 또한 ..

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