전체 글 (58) 썸네일형 리스트형 KDE(Kernel Density Estimation) - 커널 밀도 함수 추정 KDE(커널 밀도 함수 추정) Kernel density estimation(KDE) is a way to estimate the probability density function (PDF) of a random variable in a non-parametric way. 밀도 추정 (Density Estimation) 관측된 데이터들의 분포로부터 변수의 분포 특성을 추정 어떤 변수 x의 밀도를 추정하는 것은 x의 확률밀도함수 (pdf, probability density function)을 추정하는것과 동일 Parametric vs. Non-parametric density estimation Parametric : 미리 pdf에 대한 모델을 정해놓고 데이터들로부터 모델의 파라미터만 추정. non-p.. bedtools 에러해결 Error: unable to open file or unable to determine types for file.(부제 - bedtools에서 사용할 수 있는 파일 포맷) vcf 를 bedtools를 사용하여 작업하려고 하는데 다음과 같은 에러가 났다. Error: unable to open file or unable to determine types for file TAB관련 issue인줄 알고 tab을 맞춰 주었다. 하지만 똑같은 에러 계속 발생 결론 fileformat을 vcf로 지정해줘야 한다. bedtools가 이 파일이 무슨 파일인지 인식하기 위해서는 주석처리된 fileformat이 있어야 한다. 나같은 경우에는 파싱전의 VCF에서 주석처리된 format내용을 가져왔다. 에러해결 : xshell Socket error Event: 32 Error: 10053. xshell 을 써서 서버와 연결하여 사용하던중 때때로 아래와 같은 에러로인해 연결이 끊긴다. Socket error Event: 32 Error: 10053. 이는 컴퓨터에서 일정시간 사용을 하지 않을경우 전원 관리를 위해 네트워크 연결을 끊기 때문이다. 근데 웃긴건 어떨때는 다음날이 되도 연결이 유지 되다가 잠깐 사용안할때 끊기기도 한다는것. 어쨋든 해결 방법은 원도우 우클릭 > 장치관리자 > 네트워크 어댑터 > 본인의 기기 우클릭 > 속성 전원관리 탭에 [전원을 절약하기 위해 컴퓨터가 이 장치를 끌 수 있음]을 체크해제해준다. 끗 python - method (인스턴스 메소드, 클래스 메소드, 스테틱 메소드) 클래스 안에서 정의되는 메소드 3가지 1. instance method 인스턴스를 통해서 호출이 되고, 첫번쨰 인자로 인스턴스 자신을 자동으로 전달 한다. 관습적으로 이 인수를 "self"라고 칭한다. 2. class method 클래스를 통해서 호출이 되고 "@classmethd"라는 데코레이터로 정의한다. 첫 번째 인자로는 클래스 자신이 자동으로 전달되고 이 인수를 관습적으로 'cls'라고 칭한다. 3. static method 두 메소드와는 다르게 인스턴스나 클래스를 첫 번째 인자로 받지 않는다. 스태틱 메소드는 클래스 안에서 정의되어 클래스 네임스페이스 안에 있을뿐 일반 함수와 전혀 다를게 없다. 하지만 클래스와 연관성이 있는 함수를 클래스 안에 정의하여 클래스나 인스턴스를 통해서 호출하여 조금 .. brain MRI preprocessing(Github)- 뇌 MRI전처리 하기 지난번 포스팅에 뇌 전처리 Tools을 소개한적이 있다. 뇌 MRI opreprocessing tools 뇌 MRI preprocessing Tools 간단 소개 (뇌 MRI 전처리) *대학원생이 맨땅에서부터 공부하면서 정리하는 포스트입니다. 지극히 주관적이며 편협합니다.* *개발환경은 리눅스이며 쉘스크립트와 파이썬을 혼용합니다.* 여러 논문들을 읽어보고 커뮤니 bart-2012.tistory.com 이번 포스팅은 필자가 이 Tools로 preprocessing pipeline을 만들어 Github에 올린 내용을 소개하고자 한다. 다음 링크를 클릭하면 preprocessing pipeline 코드를 받을 수 있다. github.com/llb1600/3D-MRI_Preprocessing llb1600/3D.. 리눅스 서버 에러 cannot open directory .: Input/output error 어느날 서버의 접속하여 작업 폴더로 접근해 ls 명령어를 입력했는데 다음과 같은 에러로 디렉토리가 열리지 않았다. unmount하고 다시 마운트를 시도 하려했지만, 다음과같은 gdbm에러들이 발생했다. 추측컨데, 복합적인 문제이지 않나 싶다. 찾아보니 이유가 I/O error는 RAM이나 하드디스크의 불량으로 인해 에러가 발생 하는 것이였다. 서버실로 가서 확인해 보니 하드디스크에 주황색불이 점멸중이였다. 하드디스크를 약 10년간 사용하다보니 수명이 다한듯 하다. 슬슬 수명이 다하고 있으니 다른 하드디스크들도 교체를 해주는 것이 좋을 것 같다. 리눅스 서버 아이디 만들기 서버 id만들기 다른 아이디/ 관리자 권한으로 로그인 sudo adduser 추가할아이디 슈도권한 주기 sudo usermod -aG sudo 추가할아이디 아이디 추가 됫는지 / 권한 부여 확인하기 less /etc/group 리눅스 htop -swap파일 꽉찼을때(스왑 늘리기) 리눅스 환경에서 다양한 작업들을 하다보면 swap파일이 꽉차서 서버가 느려지는 경험을 자주 경험 한다. 스왑파일은 간단하게 설명하면 컴퓨터가 RAM 메모리를 전부 사용했을때, 하드디스크에서 대신 읽고 쓰는 파일이다. 즉, 메모리가 꽉차면 스왑파일을 임시로 RAM처럼 사용하는것이다. 스왑파일마저 꽉차게되면 문제가 발생하기때문에 혹시모를 경우를 대비해 HDD의 공간을 할애해 스왑파일을 만들어주는것이 좋다. swap 파일 만들기 (100) 100*1024*1024 우선 스왑파일을 저장할 디렉토리를 지정하여 다음과 같은 리눅스 커멘드로 빈디스크를 만든다. 다음 커멘드는 100G 디스크를 만드는것이다. count숫자를 변경하여 크기를 조절할 수 있다. path는 반드시 root가 아니여도 된다. dd if=/de.. 이전 1 2 3 4 5 6 7 8 다음
