분류 전체보기 (58) 썸네일형 리스트형 에러 해결 - vi error write error in swap file / jupyter error [Errno 28] No space left on device 서버에서 jupyter noteboock을 사용하다가 forbidden 에러가 발생하며 저장이 되지 않았고, 새로운 탭을 열어서 다시 저장하려고 하니 [Errno 28] No space left on device 에러가 발생했다. 저장 가능한 공간이 부족하다그러니 vi로 파일을 생성해보았다. vi를 통해 파일을 생성하거나 열게되니 "write error in swap file" 라는 문구가 잠깐뜬다 사라진다. 저장은 또 된다. 구글링해보니 저장공간이 부족한것이 맞으니 df -h로 가득찬 용량을 확인해보고 정리하라고 한다. 아무리 df -h 를 통해 확인해봐도 꽉찬 스토리지는 없었다. inode? df -i 로 inode가 꽉찼는지 확인해 보라는 얘기가 있어서 확인해봤지만, 역시 가득찬것은 없었다. 알고보.. 블로그 공부 - 키워드 마스터 활용하기 블로그를 운영하는데 유용한 사이트중 가장 기본적인 사이트는 키워드 마스터 인것 같다. 굉장히 직관적이고 빨라서 유용하게 사용 가능하다. https://whereispost.com/keyword/ 키워드마스터 블로그 키워드 조회툴 whereispost.com:443 내블로그가 노출이 되어 있는지, 뭔가 문제가 있는건 아닌지 등 내블로그의 현재 상태를 확인할 수 있다. 또한 키워드 마스터라는 이름으로 알수있듯이, 어떤키워드를 넣었을때 내블로그가 상위에 랭크되어 있는지 확인하거나 어떤 키워드를 넣어야 블로그 노출이 더 수월한지 등을 확인할 수 있다. 이포스팅에서는 총 3가지 기능을 확인해 보겠다. 1. 내블로그 정보 확인 웨어이즈 포스트 탭을 누르거나 혹은 메인페이지에 블로그 주소를 넣는 칸에 내 주소를 넣으.. heatmap 그리고 저장하기 in R heatmap은 데이터 분석을 진행하다보면 scatter plot 만큼 접하기 쉬운 plot이다. matrix값을 ploting 하고 Hierarchical clustering 까지 확인할 수 있기때문에 인기가 많다. 오늘은 R로 heatmap그리는 법을 간단하게 알아보겠다. library(gplots) library(RColorBrewer) 우선 위의 라이브러리를 설치하고 import 한다. input table은 아래와같이 numeric matrix로 이루어져있어야한다. 1. 기본적인 코드 mypalette bedtools error해결 : ERROR: Received illegal bin number 4294967295 from getBin call. bedtools subtract -a -b command를 썻는데 다음과 같은 에러를 만났다. ERROR: Received illegal bin number 4294967295 from getBin call. ERROR: Unable to add record to tree. 이유는 정말 단순했다. MS office로 만진 파일을 Unix에서 쓰려니까 문제가 발생한것.. 해결법. dos2unix file.txt 위의 명령어를 진행하면 해당 파일이 Unix format으로 converting이 진행된다. 이후 bedtools를 돌리면 해결 완료!!! VScode 오류해결-could not establish connection vscode 어제만해도 잘만 쓰고있던 vscode의 원격접속이 갑자기 안된다. 다음과 같은 오류 팝업을띄운다. could not establish connection vscode output엔 다음과 같은 메세지들이 출력된다. Bad owner or permissions on C:\\Users\\User/.ssh/config .. ... ... 프로세스에서 없는 파이프에 쓰려고 했습니다. ... ... 파워 서칭을 통해 해결하였다. 한글로 편하게 볼수있게 포스팅해 놓는다. 우선 vscode에서 f1을 눌러 ssh config가 있는 위치를 파악한다. 그다음 ssh config가 있는 위치에 간다. 다음과 같은 순서로 진행한다. 순서 : config 파일 우클릭 -> 속성 -> 보안탭 -> 그룹또는 사용자 이름 그룹또.. snakemake mutect2 error : Error executing rule snakemake를 활용해 variants calling pipeline을 설계하고 test하는 도중에 다음과 같은 에러를 만났다. Error executing rule mutect2 on cluster (jobid: 6688, external: 1183407, jobscript:~/tmp/path/mutect2.sh Error executing rule mutect2 on cluster (jobid: 6688, external: 1183407, jobscript:~/tmp/path/mutect2.sh) 이 에러가 왜 발생하는지 확인 하기위해 해당 rule에 미리 지정 해준 log를 확인해보았다. 16:31:55.800 WARN IndexUtils - Feature file "/.wchr.vcf.gz" .. [에러해결]sbatch: error: This does not look like a batch script. sbatch: error: This does not look like a batch script. The first sbatch: error: line must start with #! followed by the path to an interpreter. sbatch: error: For instance: #!/bin/sh slurm sbatch로 job을 날리다가 만난 에러. slurm에 능숙하신 분들이라면 별거 아닐수 있지만... 해결은 굉장히 간단하다. sbatch로 python script를 돌리려다 생긴 에러이다. sbatch로 돌릴수 있는 script는 쉘스크립트여야 하는것 같다. 중간에 bash 스크립트 하나를 python파일과 sbatch사이에 연결다리 느낌으로 추가해주었더니 해결 되었다.. 에러해결 KeyError : get_loc error / pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc() CODE ERROR pandas를 이용하여 data parsing을 하던 도중 에러를 만났다. 뭔가 pandas에서 데이터 접근하는방식이 맘에 안들었나보다. 잘 될때가 있고 안될때가 있어서 pipeline화 시켜 여러sample을 돌리면 에러로인해 진행이 되지 않았다. 결국 index location어쩌구 하는걸 보니 iloc을 사용해야 하나? 라는 생각이들었고 iloc을 사용하니 해결되었다. vcf_pos=df_vcf_chr1.POS[x] >> vcf_pos=df_vcf_chr1.iloc[x].POS 이전 1 2 3 4 5 6 ··· 8 다음
